Es tracta d'un veïnat dependent de L’Escala , conservat com a poble medieval. En temps passats havia sigut una península i va acollir els primers habitants a partir del segle IX a. C. Tres segles després, va establir relacions comercials amb fenicis, púnics i foceus massaliotes, el que va marcar l'inici de les negociacions que van fer d'Empúries un dels ports més importants del Mediterrani. Des de llavors, Sant Martí d’Empúries ha sigut sempre habitat de forma continuada.
Fins el 1064, Sant Martí va ser seu del comtat d'Empúries . Es conserva una bona part de la muralla medieval . L'església de Sant Martí es va construir el 1538, sobre el temple prerromànic de l'any 926. En contrast amb el caràcter medieval de la població, a Sant Martí hi trobem la Casa Forestal , d'estil modernista, actualment seu de la fundació Iberia Graeca . Just davant hi ha les restes de l'antic castell , que va inspirar Víctor Mora , creador del cómic Capitán Trueno , com a seu residencial de l'heroi.
Val la pena recórrer els carrers estrets de Sant Martí. A la plaça Major hi ha varis restaurants amb interessants propostes gastronòmiques. Una vegada visitat aquest nucli, també és molt recomanable recórrer el passeig d'Empúries , que uneix Sant Martí amb el casc urbà de L’Escala. En un parell de quilòmetres és possible descobrir les platges d'Empúries , passar just pel costat del jaciment grecorromà d'Empúries i veure l'antic Moll Grec.