Es tracta d’un veïnat depenent de l’Escala , conservat com a poble medieval. Temps enrere havia estat una península i va acollir els primers habitants a partir del segle IX aC. Tres segles després, va establir relacions comercials amb fenicis, púnics i foceus massaliotes, que va ser l’inici de les negociacions que van fer d’Empúries un dels ports més importants de la Mediterrània Des de llavors, Sant Martí d’Empúries ha estat sempre habitat de forma continuada.
Fins al 1064, Sant Martí va ser seu del comtat d´Empúries . Es conserva una bona part de la muralla medieval . L’església de Sant Martí es va construir l’any 1538, sobre el temple preromànic de l’any 926. En contrast amb el caràcter medieval de la vila, a Sant Martí trobem la Casa Forestal , d’estil modernista, actualment seu de la fundació Iberia Graeca . Just al davant hi ha les restes de l’antic castell , que va inspirar Victor Mora , creador del còmic Capitán Trueno , per ser la seu de la llar de l’heroi.
Val la pena recórrer els carrers estrets de Sant Martí. A la plaça Major trobem diversos restaurants que ofereixen interessants propostes gastronòmiques. Un cop visitat aquest nucli, també és molt recomanable recórrer el passeig d’Empúries , que uneix Sant Martí amb el nucli urbà de l’Escala. Són un parell de quilòmetres que permet descobrir les platges d’Empúries , passar just pel costat del jaciment grecoromà d’Empúries i veure l’antic Moll Grec .